论文查重系统通常采用相似度检测算法，将被检测论文与已有文献进行比对，计算二者之间的相似度。如果论文中出现的某些文本片段或段落已经在其他文献中出现过，即使是修改后的，查重系统也会将其视为重复内容。

通常，有些查重系统设置了一个阈值，当被检测的论文与已有文献的相似度超过这个阈值时，就会被判定为重复。不同的查重系统设置的阈值可能会因此存在差异，一般建议在20%到30%之间。如果相似度检测结果超出了这个范围，通常需要详细分析论文中哪些部分被判定为重复，进一步判断其是否属于剽窃行为。

需要注意的是，即使论文判定为重复，也不一定就是剽窃行为，可能是由于一些常用的术语、公式、标记等文本片段被多个文献引用所致，因此在判断时需要考虑上下文和文献引用情况。另外，一些查重系统还可能检查图片、表格或其他类型的文本，以进一步判定是否存在重复。

除了设置相似度阈值，一些查重系统也会提供详细的查重报告，其中会标注出论文中哪些部分被判定为重复，以及这些重复内容在哪些文献中出现。这个报告可以帮助作者更好地了解论文中哪些部分存在问题，并进行相应的修改和改进。

另外，在进行论文写作时，可以采取一些避免重复的措施，例如不直接复制粘贴其他文献的内容，遵循引用规范并正确引用其他文献，避免和其他文献的表述和结论过于相似等。这样可以大大减少论文被判定为重复的可能性。

在处理查重重复时，如果确实存在一些剽窃行为，需要认真考虑如何进行处理。根据不同的情况，可能有不同的处理方式。以下是几种常见的处理方式：

1.修改论文：如果只是某些部分被判定为重复，可以通过修改相应内容，或者重新组织文章结构等方式来消除重复，最终提交一篇完全不重复的论文。

2.补充引用：如果论文中某些部分确实和其他文献中存在相似度较高的内容，但作者本意并非抄袭，可以通过补充引用相应文献来说明这些内容不属于剽窃，从而消除重复。

3.重新撰写：如果论文中涉及的重复部分过多或过严重，修改不可行时，可能需要重新撰写以确保论文没有重复内容。在此过程中，需要时刻保持诚信和学术规范，付出更多努力。

4.承认错误：如果论文中确实存在严重的剽窃行为，需要承认错误和后果，并面对相应的处罚和惩罚，以便重新建立学术诚信和信誉。

总之，在进行论文写作时，遵循学术规范和诚信原则是非常重要的。如果存在不可避免的重复情况，需要正确处理，以避免受到不必要的惩罚和影响学术声誉。