论文查重是现代学术界非常重要的一项工作，它可以帮助评估论文的原创性和知识领域的广度。然而，有时在进行查重时，系统会将论文中的参考文献也纳入比对范围，导致标红的情况发生。

首先，我们需要了解参考文献会被标红的原因。通常来说，查重系统使用了一系列算法来比对论文中的内容与已有的文献数据库。这种算法可能会将论文中的内容与库中的内容进行对比，从而找出相似之处。然而，这个过程并不完美，有时会错误地将参考文献也作为重复内容进行标记。

那么，当论文查重中参考文献被标红时，我们应该怎么做呢？首先，我们应该认识到这只是系统的一个错误，而不是我们论文的不当行为。我们可以将这一问题反馈给系统管理员，说明参考文献不应该被纳入查重范围。如果系统没有提供反馈渠道，我们可以与教师或导师沟通，解释这个问题。他们通常会理解这个情况并采取适当的行动。

除了与相关人员沟通之外，我们还可以采取其他措施来避免这类问题。首先，我们可以在论文中明确标注参考文献的部分，以便系统能够正确地区分它们。其次，我们可以在论文提交之前利用其他查重工具进行预检测，确保不会出现标红问题。最后，在论文查重之前，我们可以对参考文献进行一些修改，例如更改引用格式或添加一些关键词，以增加其与已有文献的区别。

总之，当我们发现参考文献被标红时，我们不必过分担心或自责。这只是查重系统的一个错误，并不代表我们的学术诚信受到了质疑。通过与相关人员沟通并采取适当的预防措施，我们可以解决这个问题，并顺利完成论文的提交。