随着高校中更多学生参与科研活动以及论文撰写，校内论文查重变得非常重要。学校通常会使用查重系统来检测学生提交的论文是否存在抄袭或剽窃行为。然而，一个问题出现了，那就是校内论文查重系统是否会检测保密论文。

保密论文是指涉及敏感信息、商业机密或未公开成果的研究，并且需要遵守机构间的保密协议。由于保密论文的特殊性质，学校在查重过程中通常会做一些特定的处理。

首先，学校会要求学生在提交论文之前进行保密论文申报。学生需要向学校提交一份申报表，说明论文的保密性质以及保密期限。学校会将这些信息记录下来，然后进行特殊处理。

一般来说，校内论文查重系统会通过文本相似度算法来检测抄袭行为。这些系统会将学生提交的论文与学术数据库、互联网上的文献进行比对，寻找相似的内容。然而，针对保密论文，学校会做一些额外的措施。

首先，学校会要求学生将保密论文上传到一个单独的保密文件夹中，与其他普通论文进行区分。这样可以确保保密论文不会被普通学生或其他人无意中查到。其次，学校会与查重系统的提供商进行沟通，设置一些特殊参数来排除保密论文的比对。这些参数可以根据学生的保密申报表进行配置，以保证论文的保密性。

尽管如此，学校仍然需要保留保密论文的副本进行备份和记录。这些论文将受到严格的保密措施，以确保不会泄露给未经授权的人员。只有经过授权的学校工作人员才能访问这些论文，并且他们有责任保护这些机密信息。

总之，校内论文查重时会对保密论文进行特殊处理。学校会要求学生进行保密论文申报，并且通过特殊的设置来确保这些论文不会被普通的查重系统比对到。这些保密论文将受到严格的保护，以确保研究成果的保密性。