毕业论文查重系统一般会检测目录。虽然目录不是正文内容，但目前主流的查重系统一般都可以识别出目录部分，并不会将其计算到重复率之中。不过，目录部分也占用了一定的字符数，如果真的对目录部分进行查重，可能会影响论文的查重率。因此，除了满足导师的相应要求外，还需要考虑论文查重网站的查重标准，尽可能修改调整目录，减少重复部分。

同时，需要注意目录的格式设置正确，如果格式不正确，可能导致查重系统无法准确识别和检测目录。

在一般情况下，毕业论文的查重系统不会直接对目录进行查重。查重系统主要关注的是论文正文部分的内容。 

但是，查重系统可能会对整个论文进行分析，包括目录部分。尽管目录部分很少存在文字相似性问题，但是在论文中，目录通常是按照章节顺序列出的各章节标题及其页码，与正文中的章节标题内容有关联。因此，如果在目录部分存在大规模复制粘贴、格式调整等操作，可能会引起查重系统的警示。

尽管目录通常不会成为查重结果中的重点，但如果你对自己的论文中是否存在对目录的不当复制粘贴操作不确定，建议仔细检查目录部分的书写是否准确，并确保目录与正文中的标题和页码一致。

此外，为了确保论文的质量和学术诚信，建议你在写作过程中按照规范和要求，避免过度依赖复制粘贴，确保论文内容的独立性和原创性。