虽然论文查重本身不会直接在论文上留下痕迹，但需要注意的是，如果你在查重过程中使用了某些工具或服务，并且这些工具或服务需要上传你的论文，那么这些机构可能会保存你的论文副本。这些保存的副本可能会用于他们的内部分析、数据库更新或其他目的。因此，在选择查重工具或服务时，你应该选择可信赖的机构，并仔细阅读他们的隐私政策和条款，确保你的论文不会被滥用。

此外，如果你在提交论文给学校或期刊之前进行了多次查重，并使用了不同的查重系统，那么这些系统可能会各自保存你的查重记录。虽然这些记录不会直接影响你的论文内容或重复率，但如果你需要证明你的论文是原创的，可能需要提供这些查重记录作为参考。

总的来说，论文查重本身不会留下明显的痕迹，但在查重过程中涉及的机构、工具和操作都可能会间接地保留某些与你的论文相关的数据。因此，你需要保持警惕，选择可信赖的查重工具和服务，并保护好自己的学术成果。同时，确保你的论文是原创的，避免抄袭和剽窃他人的内容，这是避免任何不必要的麻烦和质疑的最佳方式。