淘宝上的论文查重服务，虽然商家本身可能不会主动留底，但提供论文查重服务的第三方系统（知网查重可能会留下上一次检测痕迹，如检测时间以及重复率）在进行查重时，通常会记录查重痕迹。尤其是知网查重系统，因其拥有强大的数据库和智能分析技术，能够在查重过程中留下记录，即使不是直接公开给所有人查看，系统后台也会记录下查重的时间、查重的ID以及其他相关信息。

另外，我们需要注意，有的不良商家可能会存在违规收集用户论文信息的行为，从而导致论文内容被留存的风险。因此，在淘宝上选择查重服务时，应选择信誉良好、有官方授权或合作背景的店铺，并详细了解其隐私政策和安全保障措施，确保论文内容的安全。

为了避免论文被不正当使用，建议优先考虑使用学校或机构推荐的查重平台，或者直接在权威查重系统的官网上进行查重。同时，对于还未正式发表或提交的论文，应谨慎处理，避免过早公开导致原创性受损。

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