论文查重是检测论文相似度的一种重要手段，以防止学术不端行为的发生。然而，关于论文查重系统是否会检测公式以及如何处理公式标红的问题，目前还没有明确的答案。

在论文中，公式是学术研究中不可或缺的部分，对于理工科学术论文尤为重要。然而，由于公式通常是一串字符和符号的组合，不同于一般的文字，因此在文本处理中可能存在一些技术上的难题。

从目前的研究和技术发展来看，一些高级的论文查重系统可能会对公式进行处理和检测。这些系统可以利用数学公式识别技术和自然语言处理技术来解析公式，并将其转化为可供比较的形式。通过比较公式的数学结构和符号，系统可以评估公式的相似度和原创性。

然而，由于公式的复杂性和多样性，以及不同论文查重系统的技术限制，目前的技术可能无法完全解决公式查重的问题。特别是一些低级的查重系统可能只关注文本的相似度而忽略了公式的比较，这可能会导致公式重复的疏漏。

对于处理公式标红的问题，目前的论文查重系统可能存在一定的局限性。公式标红是一种将相似度高的公式或部分突出显示的技术手段，旨在引起读者的注意和警惕。然而，由于公式的特殊性，如何准确地进行标红处理仍然是一个挑战。

一种可能的处理方法是将公式转化为特殊的文本格式，并在查重系统中实现标红的显示功能。这样，系统可以基于公式的相似度来判断是否需要标红，并将标红信息反馈给用户。然而，这种方法的可行性和效果还需要进一步的研究和实践验证。

综上所述，针对论文查重是否会查公式以及如何处理公式标红的问题，目前还没有明确的答案。尽管一些高级的查重系统可能可以处理公式并展示标红效果，但是目前的技术仍存在一些限制和挑战。未来的研究可以继续探索公式查重的技术和方法，以提高论文查重系统对公式的识别和处理能力。