在正常的查重过程中，参考文献并不计入查重率。这是因为查重系统在对参考文献进行查重时，会先识别参考文献的引用格式，若格式正确，查重系统会将参考文献的内容和引用库的内容进行比对。如果内容一致，查重系统就会判断这部分内容为参考文献部分，并不会计算其重复率。

但需要注意的是，如果学校需要查重论文的参考文献，那么在检测论文时，应一起上传到论文查重系统进行重复检测。此外，写论文时一定要注意参考文献的格式，如果格式不正确，查重系统不会自动检测出来，会作为查重的正文部分来检测。

总的来说，虽然参考文献本身不计入查重率，但在论文写作和查重过程中仍需注意其格式和引用方式，以避免不必要的麻烦。

论文查重时参考文献的引用是会计算重复率的，但具体是否计入重复率取决于查重系统的设定和学校的规定。

论文重复率是把论文内容和系统数据库中的文献资源进行比较，只要检测到重复内容，就会计算这些重复内容在整个论文中所占据的比例，这就是论文重复率。在大多数高校和杂志社中，引用文献如果不加以适当的标注和格式调整，确实可能被查重系统计入重复率中。因此，在写作过程中，要特别注意参考文献的引用方式和格式，确保符合学术规范，以避免不必要的重复率问题。

同时，不同的查重系统和学校可能有不同的规定，因此在提交论文前，最好先了解清楚所使用的查重系统的具体规定以及学校的相关要求，以避免因引用格式不当而导致论文重复率过高。

最后，建议在选择查重系统时，尽量选择专业权威的论文检测软件，这样可以保证查重结果的准确性和可靠性，为论文的顺利提交和通过提供保障。