毕业论文查重存在着一些不足之处。现有的论文查重软件往往只能检测到文字和句子级别的相似度，无法有效地识别出论文中的主题、思想以及观点是否原创。一些学生可能会采取替换同义词或调整句子结构的方式来规避查重软件的检测，从而降低了论文查重的准确性和可靠性。部分论文查重软件在检测时可能存在漏报和误报的情况，导致了学术不端行为的流于表面。

解决以上问题的关键在于开发更加智能化和全面性的论文查重软件。新一代的查重软件应该能够通过语义分析的方式来判断论文中的思想是否具有独创性，而不仅仅是依靠文字和句子的相似度。同时，查重软件还应该能够识别出学生对原文的抄袭程度，避免因为一些无关紧要的细节而误报。除此之外，对于那些故意规避查重软件的学生，学校也应该建立起更加严谨和公正的学术诚信体系，对抄袭行为进行严肃处理，以起到震慑和警示的作用。

毕业论文查重的不足主要在于现有查重软件的局限性和学生的不端行为。解决这些问题需要软件共同努力，建立起更加严谨的学术诚信体系。这将有助于提高论文查重的准确性和公正性，从而促进学术界的健康发展。