论文查重在学术领域中具有重要意义，能够有效检测出提交的内容中原创性的占比。但是，在进行论文查重的过程中，我们可能会遇到一系列问题。

技术方面的挑战是一个主要问题。目前市面上常用的论文查重软件虽然能够准确检测文字的相似度，但在处理特定领域的专业术语、引用格式等方面还存在一定局限性，容易产生误判。所以，需要在使用论文查重软件时进行适当的调整和额外的核对工作，以确保结果的准确性和可靠性。

论文撰写中的引文处理也是一个常见问题。随着互联网信息的大量涌入，我们在撰写论文时难免会遇到引用资料不规范或忘记注明出处的情况，这会导致论文查重结果出现高相似度的情况，从而带来不必要的麻烦和误解。

目前存在的抄袭和剽窃现象也给论文查重带来挑战。有的人可能会故意盗取他人的学术成果，经过简单修改后提交为自己的研究成果，这对于有些论文查重软件来说，可能是出现难以辨别的情况，因此，我们需要通过其他手段来提高查重效果，例如通过人工审查等方式。

论文查重在实际操作中可能会遇到以上说说的一系列问题，我们需要在注意查重过程中的细节操作，提高自身文献写作和引用规范水平，做到研究内容的真实性以及独立性。