论文查重率不合格的原因多种多样，以下是一些常见的原因归纳：

一、引用与标注问题

未标明引用来源：论文中引用的内容必须明确标注来源，包括作者、文章标题、出版物名称、出版日期等。如果未标注或标注不正确，查重系统会将这部分内容视为抄袭。

引用格式错误：不同的学术领域和期刊可能有不同的引用格式要求。如果论文中的引用格式不符合要求，也可能导致查重率不合格。

二、论文内容与结构问题

内容抄袭：直接复制粘贴其他文献的内容而未进行适当修改和引用，是导致查重率不合格的主要原因之一。

自我抄袭：在多篇文章中重复使用自己已发表的研究内容，而未进行新的分析和解读，也可能被视为抄袭。

内容相似性高：即使论文是原创的，但如果与其他文献在内容、结构或表述上存在高度相似性，也可能导致查重率过高。

三、技术问题

查重系统选择不当：不同的查重系统有不同的检测数据库和算法，如果选择不当，可能导致检测结果不准确。

系统误判：由于查重系统的局限性，有时会出现误判的情况。例如，对于专业术语、常见表达或特定领域的表述方式，查重系统可能无法准确识别其原创性。

四、格式与排版问题

格式不规范：论文的格式包括字体、字号、段落设置等，如果格式不规范，可能导致查重系统无法准确识别论文内容。

排版错误：如表格、图片等排版不正确，也可能影响查重系统的识别效果。

五、其他因素

论文字数不足：如果论文的字数没有达到学校或期刊的要求，也可能影响查重结果。

使用了非学术性资源：如果论文中引用了非学术性的网站或文献，这些资源在检测时可能被视为垃圾文献，从而影响查重结果的准确性。

综上所述，要避免论文查重率不合格，需要作者在撰写论文时严格遵守学术诚信原则，正确引用和标注来源，注重论文的原创性和创新性，同时选择合适的查重系统并仔细核对查重结果。此外，还需要注意论文的格式和排版规范，确保论文的完整性和准确性。